An der Stelle auf dem "Roggenacker", an der Wilhelm Winzerer die Erscheinung hatte, geschahen weiterhin viele Gebetserhörungen.

So wurde über dem Ort der Erscheinung  im Jahre 1613 eine Kapelle errichtet.

Die Schar der Wallfahrer wurde immer grösser, so entschloss man sich, eine grosse Kirche zu bauen. Das wurde denn auch in den Jahren 1741 - 1746 ausgeführt. Baumeister dieser Kirche ist der von Graf Johann Friedrich von Wallerstein berufene Johann Ulrich Trientl von Wien. Er legte dem Grundriss der Wallfahrtskirche "Unserer lieben Frau vom Roggenacker" ein griechisches Kreuz zugrunde. Die ganze Länge beträgt 30 m, die Breite 19 m, die Höhe des Schiffes 15 m, die Höhe des Chores 13 m.

Der Altarraum

Der Altarraum zieht gleich alle Blicke an sich. Für den architektonischen Prospekt des Hochaltares mit der größeren Mittelöffnung, deren Säulen den durch einen Stirnbogen geöffneten zylindrischen Aufbau tragen und den beiden Seitenöffnungen hat wohl die berühmte Wallfahrtskirche von Mariazell in Österreich als Vorbild gedient, die von J.E. Fischer von Erlach 1726 entworfen und durch einen Stich von 1727 weit bekannt geworden war. Mitte des Altarbaues ist das alte Gnadenbild unserer Lieben Frau vom Roggenacker vom Ende des 16. Jahrhunderts. Gottvater zeigt hernieder, um gleichsam zu bestätigen, dass auf seine Allmacht hin diesem Kind - Wilhelm Wintzerer - hier geholfen wurde und auch heute noch den Bittenden geholfen wird.

Die Stiftung des Hochaltars

Einer adligen Frau wurde durch ihr inständiges Gebet zur Muttergottes vom Roggenacker "wie durch ein Wunder" ihr vom Vormund weggenommener Sohn zurückgegeben. Aus Dankbarkeit für diese unerwartete Hilfe hat sie im Jahre 1861, am Fest Mariä Unbefleckter Empfängnis, ein eigenhändig gesticktes prächtiges Meßgewand nach Flochberg gebracht. Sie ließ auch ein neues Wallfahrtsbildchen drucken. Mit dem Sohn kam sie lange Zeit jedes Jahr nach Flochberg.

Dieser Sohn, Hans Edler von der Planitz, kam später mit seiner Familie nach Christiania, der damaligen Hauptstadt von Norwegen, zur Deutschen Botschaft. Zu Beginn des I. Weltkrieges (1914 - 1918) mußte sein Sohn Hans auch ins Feld ziehen. Da gelobte der Vater: wenn sein Sohn wieder gesund aus dem Kriege heimkehre, wolle er für die Kirche zu Flochberg einen Altar stiften. Im Jahre 1919 hat er sein Versprechen erfüllt, eben als man daran ging, diese Kirche zu renovieren.

Heute kündet noch die Inschrift unter dem kleinen Baldachin von dieser guten Tat:

"Gestiftet von dem Sohne einer großen Wohltäterin dieser Kirche, Hans Edler von der Planitz,

für die wunderbare Rettung seines Sohnes Hans, Offizier im K.U.-R. 21 im Weltkriege."

Künstlerisch wertvoll ist die Darstellung des Todes des heiligen Josef auf der rechten Seite des Kirchenschiffes, von Michael Zink, Neresheim. Das Bild auf der Linken Seite des Kirchenschiffes zeigt den Tod Mariens. Es ist eine freie Kopie eines Bildes von Josef Höltz, Riedlingen.

Die großen Statuen der Heiligen in den Nischen des Kirchenschiffes stammen meist von Künstlern des 18. Jahrhunderts.

Es werden die Heiligen hl. Magdalene, hl. Katharina, hl. Elisabeth, hl. Josef, hl. Pantaleon und hl. Sebastian dargestellt.

Links vom Altarraum schließt sich die Heilig Kreuz Kapelle oder Votivkapelle an. Hier befinden sich zahlreiche Votivbilder des 18. - 20. Jahrhunderts, Zeugnisse der Dankbarkeit für empfangene Gnaden auf die Fürsprache der Lieben Frau vom Roggenacker.

Der Geißelheiland, entstanden um 1750/60 ist eine der schönsten Statuen in der Wallfahrtskirche.

An der Wand ist die Grabplatte des Vollenders der Kirche, Pfarrer Joseph Anton Schmid, der in der Kapelle begraben ist.

Die Wallfartskirche wurde in den Jahren 1970 - 1976 außen und innen gründlich restauriert.